澳門世界貿易中心仲裁中心由下列機關組成：

（1）理事會，負責訂定仲裁機構的策略目標；

（2）執行委員會，負責領導仲裁機構的業務；

（3）秘書處，負責為仲裁機構的運作提供適當的技術及行政服務。